عنوان انگليسي

iDNA-Prot: Identification of DNA Binding Proteins Using Random Forest with Grey Model



نویسنده/ناشر/نام مجله :
PLoS ONE
سال انتشار
2011
کد محصول
1000253
تعداد صفحات انگليسي
7
تعداد صفحات فارسي
10
قیمت بر حسب ریال
70000
نوع فایل های ضمیمه
Pdf+Word
حجم فایل
237 کیلو بایت
تصویر پیش فرض


عنوان فارسي

iDNA-Prot: شناسایی پروتئین های متصل شونده به DNA با استفاده از رندوم فرست با مدل گری




سایر مقالات ترجمه شده زيست شناسی را مشاهده کنید.

کاربر گرامی، در این قسمت می توانید با وارد کردن کد دانلود که قبلا خریداری کرده اید، محصول مورد نظر خود را دانلود کنید. در صورتی که قبلا لینک محصول را خریداری نکرده اید، جهت خرید لینک کلیک کنید قیمت لینک 70000 ریال بوده و به مدت یک هفته اعتبار خواهد داشت . همچنین می توانید از قسمت محصول دلخواه خود را بیابید. برای کسب اطلاعات بیشتر، راهنمای فرایند خرید و دانلود محتوی را ببینید


Abstarct

DNA-binding proteins play crucial roles in various cellular processes. Developing high throughput tools for rapidly and effectively identifying DNA-binding proteins is one of the major challenges in the field of genome annotation. Although many efforts have been made in this regard, further effort is needed to enhance the prediction power. By incorporating the features into the general form of pseudo amino acid composition that were extracted from protein sequences via the ‘‘grey model’’ and by adopting the random forest operation engine, we proposed a new predictor, called iDNA-Prot, for identifying uncharacterized proteins as DNA-binding proteins or non-DNA binding proteins based on their amino acid sequences information alone. The overall success rate by iDNA-Prot was 83.96% that was obtained via jackknife tests on a newly constructed stringent benchmark dataset in which none of the proteins included has §25% pairwise sequence identity to any other in a same subset. In addition to achieving high success rate, the computational time for iDNA-Prot is remarkably shorter in comparison with the relevant existing predictors. Hence it is anticipated that iDNA-Prot may become a useful high throughput tool for large-scale analysis of DNA-binding proteins. As a user-friendly web-server, iDNA-Prot is freely accessible to the public at the web-site on http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/iDNA-Prot or http://www.jci-bioinfo.cn/iDNAProt  Moreover, for the convenience of the vast majority of experimental scientists, a step-by-step guide is provided on how to use the web-server to get the desired results


Contents

1. Introduction

2.Materials and Methods

2.1. Benchmark datasets

2.2. A novel pseudo amino acid composition of grey model

2.3.
Predicting algorithm

3. Results and Discussion

چکیده

پروتئین های متصل شونده به DNA نقش‌های بسیار مهمی را در عملکردهای مختلف سلولی ایفا می‌نمایند. ایجاد برنامه‌هایی با بازده و توان عملیاتی بالا برای تشخیص سریعتر و موثرتر پروتئین های متصل شونده به DNA، یکی از عمده ترین چالش‌ها در زمینه‌ی تفسیر ژنوم است. درحالیکه با نگرش به این مسائل، تلاشهای بسیاری انجام گرفت، اما همچنان تلاش بیشتری برای پیش‌بینی قویتر مورد نیاز بود. با در هم آمیختن ویژگیها در قالب کلی ترکیب پسودو آمینو اسید، که از توالی‌های پروتئینی استخراج شده بود، همراه با دخالت دادن "مدل خاکستری" و اتخاذ عملیات مهندسی رندوم فورست، یک پیش‌گوی جدید را با نام iDNA-Prot به منظور تشخیص پروتئین‌های با عملکرد نامشخص در اتصال به DNA،  و طبقه بندی آنان بعنوان پروتئین‌های متصل شونده به DNA و پروتئین‌های غیر متصل شونده به DNA فقط براساس اطلاعات توالی پروتئینی آنها پیشنهاد نمودیم. با در نظر گرفتن اینکه مجموعه داده‌ی الگو، با دقت فراوان انتخاب شد، بطوریکه در مقایسه‌ی توالی‌ها در هر زیر مجموعه، تطابق توالی بیش از 25% وجود نداشت، تست جک‌نایف بر روی داده‌ها انجام شد و در صد موفقیت کلی 96/83 بدست آمد. بعلاوه، برای دست یابی به میزان موفقیت بالاتر زمان محاسباتی در درست این پیش‌گو بطور قابل ملاحظه‌ای در مقایسه با پیش‌گوهای دیگر ساخته شده مشابه ، کوتاهتر بود. بدین ترتیب تخمین زدیم که iDNA-Prot یکی از مفیدترین و پربازده‌ترین ابزراهای آنالیز پروتئین‌های متصل شونده به DNA در مقیاس‌های بزرگ باشد. iDNA-Prot بعنوان وب‌گاهی مساعد برای کاربران که برای استفاده‌ی عموم نیز آزاد می‌باشد در نشانی http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/iDNA-Prot یا http://www.jci-bioinfo.cn/iDNAProt   در دسترس است. به منظور راحتی بیشتر محققانی که اکثریت غالب آنها دانشمندان تجربی می‌باشند،  در استفاده از آن راهنمای مرحله به مرحله‌ای در مورد چگونگی استفاده از وب‌گاه و بدست آوردن نتایج مطلوب فراهم شده است.

فهرست مطالب

1-مقدمه

2-مواد و روش‌ها

1-2-مجموعه داده الگو

2-2-ترکیب نوینی از پسودو آمینو اسید در مدل خاکستری

3-2-الگوریتم پیش‌بینی

3-نتایج و بحث


1-مقدمه

پروتئین‌های متصل شونده به DNA نقش‌های حیاتی را در بسیاری از فرآیندهای سلولی از جمله، شناسایی توالی‌های نوکلئوتیدی اختصاصی، تنظیم رونویسی و تنظیم بیان ژن ایفا می‌کنند. در حال حاضر، تکنیک‌های آزمایشگاهی مختلفی از جمله آزمون غربالگری اتصالی، آنالیز ژنتیکی، آزمون میکرواری برای تشخیص ایمنی شناسی کروماتین و کریستالوگرافی اشعه ایکس برای شناسایی پروتئین‌های متصل شونده به DNA مورد استفاده قرار گرفتند. با وجود اینکه تمامی این تکنیک‌ها قابلیت ارائه‌ی تصاویر همراه با جزئیات اتصال را دارند، اما همه  زمان‌بر و گران می‌باشند. تعداد پروتئین‌های جدید و درحال کشف با سرعت بسیار بالایی در حال افزایش است. برای مثال در سال 1986 پایگاه داده‌ی Swiss-Prot شامل تنها 3939 توالی پروتئینی وارد شده بود، اما براساس اطلاعات منتشر شده در تاریخ 07/2011 در  28 ژوئن 2011 توسط پایگاه داده UniProtKB/Swiss-Prot به نشانی http://web.expasy.org/docs/relnotes/relstat.html/، اکنون تعداد توالی‌های این پایگاه به 530264 جهش یافته است، به این معنی که تعداد توالی‌های موجود 134 برابر رقم مربوط به 25 سال پیش است.

بوجود آوردن روشهایی برای شناسایی سریعتر و موثرتر پروتئین‌های متصل شونده به DNA، براساس اطلاعات توالی آمینواسیدها به تنهایی، برای تشخیص عملکرد پروتئین‌هایی که فراتر تز ژنوم و به صورت آزمایشگاهی ساخته می‌شوند، امری مورد نیاز به شمار می‌آید. در حقیقت تعداد زیادی از پیش‌بینی کننده‌ها با استفاده از همین روش و همین اطلاعات، بوجود آمده‌اند، برای مثال شانان و همکارانش، شانان و همکارانش از اطلاعات موجود در ویژگیهای ساختاری پروتئین‌های متصل شونده به DNA دارای ساختار شناسایی شده و عملکرد ناشناخته برای طبقه بندی آنها به‌ عنوان متصل شونده DNA بودن یا نبودن مورد استفاده قرار دادند. احمد و همکارانش نشان دادند که چطور می‌توان پروتئین‌های متصل شونده به DNA را از پروتئین‌های فاقد خاصیت اتصال به  به ترتیب DNA از طریق ویژگیهای بار کلی پروتئین، دو قطبی لحظه‌ای کلی و چهار قطبی لحظه‌ای متمایز کرد... 




زکات علم آموزش و نشر آن است
یکی از اهداف گروه علمی البرز گسترش علم و دانش از طریق ایجاد امکان دسترسی جامعه دانشگاهی به منابع علمی است. از این رو کتاب ها، جزوات، تحقیق های آماده، مقالات ترجمه شده و پروژه های مختلف رشته زيست شناسی در سایت گروه علمی البرز ارائه شده است. بسیاری از منابع فوق رایگان هستند و در همین راستا از اساتید، دانشجویان و محققان رشته زيست شناسی دعوت می نماییم تا گروه علمی البرز را در این امر خطیر همراهی نمایند.
شما می توانید ازمنابع علمی که در اختیار دارید، درآمد کسب کرده و یا آنها را به صورت رایگان در اختیار جامعه علمی کشور قرار دهید. برای کسب اطلاعات بیشتر در این خصوص :
نام :


موبایل :  


ایمیل :
*


نظر :
*


نظرات کاربران به این صفحه


Skip Navigation Linksصفحه اصلی > دپارتمان های گروه ترجمه تخصصی البرز > دپارتمان علوم پايه > زيست شناسی > محصولات رشته زيست شناسی > مقاله با ترجمه فارسی رشته زيست شناسی > iDNA-Prot: شناسایی پروتئین های متصل شونده به DNA با استفاده از رندوم فرست با مدل گری
ناحیه کاربری

 
 

وارد شوید


دانلود فایل
دانلود مقالات ترجمه شده

مقالات ترجمه شده فنی مهندسی

مهندسی فناوری اطلاعات مهندسی برق مهندسی عمران مهندسی كامپيوتر مهندسي شيمی
مهندسی مکانیک مهندسی صنايع مهندسی پليمر مهندسی نفت مهندسی پزشکی
مهندسی معدن مهندسی مواد مهندسي نساجی مهندسی شهرسازی مهندسی هوافضا
مهندسی ایمنی صنعتی

مقالات ترجمه شده علوم انسانی

حسابداری مديريت روانشناسی حقوق علوم اقتصادی
تربيت بدنی و علوم ورزشی علوم تربيتی فلسفه علوم ارتباطات اجتماعی مديريت جهانگردی
مديريت اجرايی تاريخ علوم اجتماعی علوم جغرافيايی علوم سياسی
مجموعه محيط زيست باستان شناسی زبانشناسی مطالعات جهان الهیات و معارف اسلامی

مقالات ترجمه شده علوم پایه

زيست شناسی شيمی رياضی فیزیک زمين شناسی
آمار ژئوفيزيك و هواشناسی نانوفناوری

مقالات ترجمه شده علوم پزشکی

پزشكی بيوتكنولوژی پرستاری داروسازی علوم آزمايشگاهی
دامپزشكی دندانپزشكی

مقالات ترجمه شده کشاورزی

مجموعه مهندسی كشاورزی مجموعه مهندسی منابع طبيعی

مقالات ترجمه شده هنر

معماری
تماس با ما

آدرس دفتر تهران

خیابان ولیعصر، زرتشت غربی، بعد از بیمارستان مهر، پلاک 86 واحد 3
تلفن تماس 02188972928
مدیریت گروه 09124677115
مدیریت فناوری اطلاعات
09124648967
آدرس دفتر کرج
البرز - نظرآباد - الغدیر جنوبی، کوچه غدیر 4 (کوچه شهید بذرپاچ) ساختمان ستاره طبقه چهارم پلاک 6
تلفن تماس 02645344101
دعوت به همکاری