Clostridium difficile infections (CDI) are the first cause of healthcare associated diarrhea in both Europe and the USA, causing between 15,000 and 30,000 deaths annually. Over the age of 65, antibiotic treatments are the two main risk factors of developing CDI. Fecal microbiota transplantation has a major role to play in managing these infections. Gut microbiota dysbiosis associated with CDI has been now comprehensively analyzed

Elderly individuals, patients treated with antibiotics or proton pump inhibitors have a dramatically decreased level of gut microbiota diversity as well as undergoing structural changes in taxa composition. In addition to this decreased diversity, patients with CDI present an increase in species belonging to Proteobacteria and a decrease in Clostridiales Incertae Sedis XI, and some commensal bacteria as Ruminococcaceae, Lachnospiraceae or Bifidobacterium longum for patients with CDI, caused by the 027 ribotype. Fecal microbiota transplantation is followed by a reestablishment of diversity, an increase in Firmicutes and Bacteroidetes and a decrease in Proteobacteria, Enterobacteriaceae and Streptoccaceae

Most of the studies are performed using metagenomics and sometimes yield contradictory results. Large studies, including culture dependent techniques and metagenomics using optimized extraction protocols to limit biases should be designed in order to comprehensively highlight the gut microbiota dysbiosis and consider specific microbiome-based therapeutic approaches

چکیده

عفونت های کلستریدیوم دیفیسیل (CDI) اولین عامل مراقبت های بهداشتی مربوط به اسهال در اروپا و ایالات متحده است و سالانه موجب مرگ 15000 تا 30000 نفر می گردد. در سنین بالای 65 سال, درمان های آنتی بیوتیکی دو ریسک فاکتور اصلی گسترش CDI هستند. انتقال باکتری های مدفوع, نقش مهمی در مدیریت این عفونت ها و آلودگی های بازی می کند. دیس بیوزیس فلور میکروبی روده مرتبط با CDI اکنون به شکل جامعی تجزیه و تحلیل می شود.

افراد مسن, و بیمارانی که با آنتی بیوتیک ها یا مهار کننده های پمپ پروتونی درمان می شوند, به شکل چشمگیری با کاهش سطح تنوع فلور میکروبی روده و همچنین تغییرات ساختاری در ترکیب گونه ها مواجه هستند. علاوه بر این کاهش تنوع, بیماران مبتلا به CDI نوعی افزایش در گونه های متعلق به پروتئوباکتر ها و نوعی کاهش در کلستریدیا اینسرات سدیس XI, را نشان می دهند و برخی باکتری های کامنسال مانند رومینو کوکوس, لاکنو اسپیراس یا بیفیدوباکتریوم لانگوم, در بیماران مبتلا به CDI, توسط ریبوتایپ 027 ایجاد می شود. انتقال فلور میکروبی مدفوع که به دنبال استقرار مجدد تنوع صورت می گیرد موجب افزایش فرمیکوتس و باکتروئیدت ها و کاهش پروتئوباکتر, انتروباکتریاسه و استرپتوکوکوس ها می شود.

بیشتر مطالعات با استفاده از متاژنومیک ها انجام شده و در برخی مواقع نتایج متناقضی به دست آمده است. مطالعات گسترده شامل روش های وابسته به کشت و متاژنومیک ها با استفاده از پروتکل های بهینه استخراج برای محدود نمودن بایاس ها, باید به منظور تاکید گسترده بر دیس بیوزیس فلور میکروبی روده طراحی شوند . روش های درمانی مبتنی بر میکروبیوم های خاصی باید در نظر گرفته شود.

1-مقدمه

عفونت های کلستریدیوم دیفیسیل, اولین عامل مراقبت های بهداشتی مرتبط با اسهال هستند و افزایش چشمگیری را در شدت و وقوع را در طول دهه گذشته نشان داده اند. CDI عمدتا شامل بیمارانی بالاتر از 65 سالی می شود که با آنتی بیوتیک ها, برای سایر عفونت ها, تحت درمان قرار گرفته اند. این عفونت نرخ مرگ و میر قابل توجهی دارد که بین 15000 تا 30000 مرگ, سالانه, در ایالات متحده برآورد می شود...