Abstract
Pseudomonas syringae pv. syringae is a plant pathogen bacterium causing bacterial leaf blight in wheat and sheath rot in rice. In this study, simplified AFLP was tested in order to evaluate genetic diversity of 60 P.s. pv. syringae strains isolated from wheat and rice fields of Guilan province-Iran by 12 AFLP primers. The products resulting from AFLP were separated using agarose gel electrophoresis. The maximum number of PIC among all tested primers belonged to primer 36. Based on UPGMA method, using NTSISpc. software, all P.s. pv. syringae strains were divided to four distinct clusters at 70% similarity level. Genetic analysis of studied populations (pop1: isolates of rice field, pop2: isolates of wheat, pop3: isolates of rice panicle, pop4: isolates of rice nursery) determined that the high genetic similarity was seen among isolates obtained from wheat and rice panicle, while strains isolated from field of rice had the most genetic distance with the other populations. Results of this study showed that AFLP is an effective marker in evaluating genetic diversity within and among studied populations while all of them had the same pathogenesis characteristics
چکیده
Pseudomonas syringae pv. Syringae یک پاتوژن باکتریایی گیاه است که موجب سوختگی باکتریایی برگ در گندم و پوسیدگی غلاف در برنج می شود. در این مطالعه، AFLP (پای مورفیسم طولی تقویت شده) به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی نژادهای 60 گونه P.s. pv. Syringae جدا شده از گندم و برنج گیلان ایران به وسیله 12 پرایمر AFLP آزمون شد. محصولات حاصل از AFLP با استفاده از الکتروفرو ژل آگاروز جدا شدند. حداکثر تعداد PIC در بین همه پرایمرهای آزمون شده متعلق به پرایمر 36 بود. براساس روش UPGMA، با استفاده از نرم افزار NTSISPC همه ی P.s. pv. Syringae به چهار دسته مشخص با 70 درصد تشابه تقسیم شدند. آنالیز ژنتیکی از جمعیت مورد مطالعه (POP1: جدا شده ها از مزارع برنج، POP2: جدا شده ها از مزارع گندم، POP3: جدا شده ها از خوشه های برنج، POP4: جدا شده ها از خزانه برنج ) نشان داد که تشابه ژنتیکی زیادی بین نمونه های گرفته شده از خوشه های برنج و گندم وجود دارد در حالی که نژادهای نمونه برداری شده از مزارع برنج دارای فاصله ی ژنتیکی بیشتری با جمعیت های دیگر بودند. نتایج این مطالعه نشان داد که AFLP یک مارکر موثر در ارزیابی تنوع ژنتیکی بین و میان جمعیت های مورد مطالعه است در حالی که همه آنها خوصیات پاتوژنتیک یکسانی را نمابش می دهند.
1-مقدمه
Pseudomonas syringae van Hall (Palleroni 1984) یک گونه باکتری گیاهی است که به بیش از 50 پاتورار تقسیم می شود (Young et al., 1992). یکی از پاتووارهای مهم این باکتری Pseudomonas syringae pv. Syringae با میربان های گسترده ای شامل غلاتی مانند گندم، برنج، لوبیا، شبدر و مرکبات است (Bradbury, 1986). این باکتری سبب سوختگی باکتریایی برگ در گندم و پوسیدگی غلاف برنج می شود...